د چینایي ژبې
نټ میډ | د کولوریکټل سرطان د مدغم تومور، معافیت او مایکروبیل منظره نقشه کولو لپاره څو اړخیزه طریقه د معافیت سیسټم سره د مایکروبیوم تعامل څرګندوي.
که څه هم په وروستیو کلونو کې د لومړني کولمو سرطان لپاره بایومارکرونه په پراخه کچه مطالعه شوي، اوسني کلینیکي لارښوونې یوازې د تومور-لیمف نوډ-میټاسټاسیس سټیجینګ او د DNA د بې مطابقت ترمیم (MMR) نیمګړتیاو یا مایکروسیټلایټ بې ثباتۍ (MSI) کشف کولو باندې تکیه کوي (د معیاري رنځپوهنې ازموینې سربیره) ترڅو د درملنې سپارښتنې وټاکي. څیړونکو د سرطان جینوم اتلس (TCGA) کولوریکټل سرطان کوهورټ او د ناروغ بقا کې د جین څرګندونې پر بنسټ معافیت غبرګونونو، مایکروبیل پروفایلونو، او د تومور سټروما ترمنځ د اړیکې نشتوالی یادونه کړې.
لکه څنګه چې څیړنې پرمختګ کړی، د لومړني کولوریکټل سرطان کمیتي ځانګړتیاوې، په شمول د سرطان حجروي، معافیتي، سټرومل، یا د سرطان مایکروبیل طبیعت، د کلینیکي پایلو سره د پام وړ تړاو راپور شوي، مګر لاهم محدود پوهه شتون لري چې د دوی تعاملات د ناروغانو پایلو باندې څنګه اغیزه کوي.
د فینوټایپیک پیچلتیا او پایلو ترمنځ د اړیکو تحلیل لپاره، په قطر کې د سیدرا د طبي څیړنو انسټیټیوټ څخه د څیړونکو یوې ډلې پدې وروستیو کې یو مدغم سکور (mICRoScore) رامینځته او تایید کړ چې د مایکرو بایوم ځانګړتیاو او معافیت ردولو ثابتونو (ICR) سره یوځای کولو سره د ښه ژوندي پاتې کیدو نرخونو سره د ناروغانو یوه ډله پیژني. ټیم د لومړني کولوریکټل سرطان سره د 348 ناروغانو څخه د تازه کنګل شوي نمونو جامع جینومیک تحلیل ترسره کړ، پشمول د تومورونو RNA ترتیب او د صحي کولوریکټل نسج سره سمون، بشپړ ایکسووم ترتیب، ژور T-حجروي ریسیپټر او 16S باکتریا rRNA جین ترتیب، د مایکرو بایوم نور ځانګړتیا لپاره د بشپړ تومور جینوم ترتیب لخوا ضمیمه شوی. دا څیړنه په نیچر میډیسن کې د "د کولون سرطان یو مدغم تومور، معافیت او مایکرو بایوم اتلس" په توګه خپره شوه.
مقاله چې په نیچر میډیسن کې خپره شوې
د AC-ICAM عمومي کتنه
څېړونکو د اورتوګونل جینومیک پلیټ فارم څخه کار واخیست ترڅو د تازه کنګل شوي تومور نمونې تحلیل کړي او د سیسټمیک درملنې پرته د کولمو سرطان د هسټولوژیک تشخیص سره د ناروغانو څخه د نږدې صحي کولون نسج (تومور-نورمال جوړې) سره سمون ولري. د بشپړ-ایکسوم ترتیب (WES)، RNA-seq معلوماتو کیفیت کنټرول، او د شمولیت معیارونو سکرینینګ پراساس، د 348 ناروغانو څخه جینومیک معلومات ساتل شوي او د 4.6 کلونو منځنۍ تعقیب سره د ښکته جریان تحلیل لپاره کارول شوي. د څیړنې ټیم دې سرچینې ته Sidra-LUMC AC-ICAM نوم ورکړ: د معافیت-سرطان-مایکروبیوم تعاملاتو لپاره نقشه او لارښود (شکل 1).
د ICR په کارولو سره مالیکولي طبقه بندي
د سرطان د معافیت څارنې لپاره د معافیت جینیاتي نښو یو ماډلر سیټ نیول، چې د معافیت د ردولو ثابت (ICR) په نوم یادیږي، د څیړنې ټیم ICR د 20 جین پینل کې د کنډنس کولو له لارې غوره کړ چې د سرطان مختلف ډولونه پوښي، پشمول د میلانوما، مثانې سرطان، او د سینې سرطان. ICR د سرطان په مختلفو ډولونو کې د معافیت درملنې غبرګون سره هم تړاو لري، پشمول د سینې سرطان.
لومړی، څېړونکو د AC-ICAM کوهورټ د ICR لاسلیک تایید کړ، د ICR جین پر بنسټ د ګډ طبقه بندي طریقې په کارولو سره یې کوهورټ په دریو کلسترونو/معافیت فرعي ډولونو طبقه بندي کړ: لوړ ICR (ګرم تومورونه)، منځنی ICR او ټیټ ICR (سړه تومورونه) (شکل 1b). څېړونکو د معافیت تمایل د موافقې مالیکولر فرعي ډولونو (CMS) سره تړاو لري، د کولمو سرطان د ټرانسکرپټوم پر بنسټ طبقه بندي. د CMS کټګوریو کې CMS1/معافیت، CMS2/کینونیکل، CMS3/میټابولیک او CMS4/میسینچیمل شامل وو. تحلیل ښودلې چې د ICR نمرې په ټولو CMS فرعي ډولونو کې د سرطان حجرو ځینې لارو سره منفي تړاو درلود، او د معافیت ضد او سټرومل پورې اړوند لارو سره مثبت اړیکه یوازې په CMS4 تومورونو کې لیدل شوې.
په ټولو CMS کې، د طبیعي وژونکي (NK) حجرو او T حجرو فرعي سیټونو کثرت د ICR لوړ معافیت فرعي ډولونو کې ترټولو لوړ و، د نورو لیوکوسایټ فرعي سیټونو کې ډیر تغیر سره (شکل 1c). د ICR معافیت فرعي ډولونه مختلف OS او PFS درلودل، د ICR کې د ټیټ څخه لوړ ته د تدریجي زیاتوالي سره (شکل 1d)، د کولوریکټل سرطان کې د ICR وړاندوینې رول تاییدوي.
شکل ۱. د AC-ICAM مطالعې ډیزاین، د معافیت پورې اړوند جین لاسلیک، معافیت او مالیکولي فرعي ډولونه او بقا.
ICR د تومور بډایه شوي، کلونلي امپلیفایډ شوي T حجرات نیسي
د تومور نسج ته د نفوذ کونکو T حجرو یوازې یو اقلیت د تومور انټيجنونو لپاره ځانګړي راپور شوي (له 10٪ څخه کم). له همدې امله، د انټرا-ټیمور T حجرو اکثریت د بای سټینڈر T حجرو (بای سټینڈر T حجرو) په نوم یادیږي. د تولیدي TCRs سره د دودیزو T حجرو شمیر سره ترټولو قوي اړیکه په سټرومل حجرو او لیوکوسایټ فرعي نفوسو کې لیدل شوې (د RNA-seq لخوا کشف شوې)، کوم چې د T حجرو فرعي نفوسو اټکل کولو لپاره کارول کیدی شي (شکل 2a). د ICR کلسترونو کې (په ټولیز ډول او CMS طبقه بندي)، د معافیت SEQ TCRs ترټولو لوړ کلوناليټي د ICR-لوړ او CMS فرعي ډول CMS1/معافیت ګروپونو (شکل 2c) کې لیدل شوې، د ICR-لوړ تومورونو ترټولو لوړ تناسب سره. د ټول ټرانسکرپټوم (۱۸،۲۷۰ جینونو) په کارولو سره، شپږ ICR جینونه (IFNG، STAT1، IRF1، CCL5، GZMA، او CXCL10) د هغو لسو غوره جینونو څخه وو چې په مثبت ډول د TCR معافیت SEQ کلونالیټي سره تړاو لري (شکل ۲d). د ImmunoSEQ TCR کلونالیټي د ډیری ICR جینونو سره د هغو اړیکو په پرتله ډیر قوي اړیکه درلوده چې د تومور-ځواب ورکوونکي CD8+ مارکرونو (شکل ۲f او ۲g) په کارولو سره لیدل شوي. په پایله کې، پورته تحلیل وړاندیز کوي چې د ICR لاسلیک د تومور-غني شوي، کلونلي امپلیفایډ شوي T حجرو شتون نیسي او ممکن د هغې وړاندوینې اغیزې تشریح کړي.
شکل ۲. د TCR میټریکونه او د معافیت پورې اړوند جینونو، معافیت او مالیکولي فرعي ډولونو سره اړیکه.
په صحي او د کولمو سرطان نسجونو کې د مایکروبیوم جوړښت
څېړونکو د ۲۴۶ ناروغانو څخه د مطابقت لرونکي تومور او صحي کولون نسج څخه استخراج شوي DNA په کارولو سره د ۱۶S rRNA ترتیب ترسره کړ (شکل ۳a). د اعتبار لپاره، څېړونکو د ۴۲ اضافي تومور نمونو څخه د ۱۶S rRNA جین ترتیب کولو ډیټا هم تحلیل کړه چې د تحلیل لپاره یې نورمال DNA شتون نه درلود. لومړی، څېړونکو د مطابقت لرونکي تومورونو او صحي کولون نسج ترمنځ د نباتاتو نسبي کثرت پرتله کړ. د صحي نمونو په پرتله په تومورونو کې کلستریډیم پرفرینګین د پام وړ زیات شوی و (شکل ۳a-۳d). د تومور او صحي نمونو ترمنځ د الفا تنوع (په یوه واحد نمونه کې د ډولونو تنوع او کثرت) کې د پام وړ توپیر نه و، او د مایکروبیل تنوع کې یو معتدل کمښت د ICR-لوړ تومورونو کې د ICR-ټیټ تومورونو په پرتله لیدل شوی و.
د مایکروبیل پروفایلونو او کلینیکي پایلو ترمنځ د کلینیکي اړونده اړیکو کشفولو لپاره، څیړونکو موخه دا وه چې د 16S rRNA جین ترتیب کولو ډیټا وکاروي ترڅو د مایکروبیوم ځانګړتیاوې وپیژني چې د ژوندي پاتې کیدو وړاندوینه کوي. په AC-ICAM246 کې، څیړونکو د OS Cox ریګریشن ماډل چلاوه چې د غیر صفر کوفیفینټونو سره 41 ځانګړتیاوې غوره کړې (د توپیر مړینې خطر سره تړاو لري)، چې د MBR طبقه بندي کونکي (شکل 3f) نومیږي.
په دې روزنیزه ډله (ICAM246) کې، د MBR ټیټه نمره (MBR<0، ټیټ MBR) د مړینې د پام وړ ټیټ خطر (85٪) سره تړاو درلود. څیړونکو په دوه خپلواکه تایید شویو ډلو (ICAM42 او TCGA-COAD) کې د ټیټ MBR (خطر) او اوږدمهاله OS ترمنځ اړیکه تایید کړه. (شکل 3) مطالعې د انډوګاسټریک کوکي او MBR نمرو ترمنځ قوي اړیکه وښودله، کوم چې په تومور او صحي کولون نسج کې ورته وو.
شکل ۳. په تومور او صحي نسجونو کې مایکروبیوم او د ICR او د ناروغ د بقا سره اړیکه.
پایله
په دې څیړنه کې کارول شوي څو-اومیکانیک چلند د کولوریکټل سرطان کې د معافیت غبرګون د مالیکولر لاسلیک بشپړ کشف او تحلیل ته اجازه ورکوي او د مایکروبیوم او معافیت سیسټم ترمنځ تعامل څرګندوي. د تومور او صحي نسجونو ژور TCR ترتیب څرګنده کړه چې د ICR وړاندوینې اغیز ممکن د تومور بډایه شوي او ممکن د تومور انټيجن ځانګړي T حجرو کلونونو نیولو وړتیا له امله وي.
د AC-ICAM نمونو کې د 16S rRNA جین ترتیب په کارولو سره د تومور مایکروبیوم جوړښت تحلیل کولو سره، ټیم د مایکروبیوم لاسلیک (MBR د خطر نمره) د قوي وړاندوینې ارزښت سره وپیژند. که څه هم دا لاسلیک د تومور نمونو څخه اخیستل شوی و، د صحي کولوریکتم او د تومور MBR د خطر نمره ترمنځ قوي اړیکه وه، چې وړاندیز کوي چې دا لاسلیک ممکن د ناروغانو د کولمو مایکروبیوم جوړښت ونیسي. د ICR او MBR نمرو سره یوځای کولو سره، دا ممکنه وه چې د څو اومیک زده کونکي بایو مارکر وپیژندل شي او تایید شي چې د کولمو سرطان ناروغانو کې د ژوندي پاتې کیدو وړاندوینه کوي. د مطالعې څو اومیک ډیټاسیټ د کولمو سرطان بیولوژي ښه پوهیدو او د شخصي درملنې طریقو موندلو کې د مرستې لپاره سرچینه چمتو کوي.
د پوسټ وخت: جون-۱۵-۲۰۲۳
د محرمیت ترتیبات