中文网站
نیټ میډ | د کولرکټال سرطان د مدغم تومور ، معافیت او مایکروبیل منظرې نقشه کولو لپاره څو-اومیک چلند د معافیت سیسټم سره د مایکروبیوم تعامل څرګندوي
که څه هم د ابتدايي کولون سرطان لپاره بایومارکرونه په وروستیو کلونو کې په پراخه کچه مطالعه شوي، اوسني کلینیکي لارښوونې یوازې د تومور-لمف نوډ-میټسټاسیز سټینګ کولو او د DNA د نابرابرۍ ترمیم (MMR) نیمګړتیاو یا د مایکرو سټلایټ بې ثباتۍ (MSI) (د معیاري رنځپوهنې ازموینې سربیره) تکیه کوي. د درملنې سپارښتنې ټاکلو لپاره. څیړونکو د جین بیان پراساس د معافیت غبرګونونو، مایکروبیل پروفایلونو، او د سرطان جینوم اتلس (TCGA) کولوریکټال سرطان کوهورټ او د ناروغ بقا کې د تومور سټروما ترمنځ د تړاو نشتوالی یادونه کړې.
لکه څنګه چې څیړنې پرمختګ کړی، د ابتدايي کولوریکټال سرطان کمیتي ځانګړتیاوې، په شمول د سرطان حجرو، معافیت، سټرومل، یا د سرطان مایکروبیل ماهیت، د کلینیکي پایلو سره د پام وړ تړاو لري، مګر لاهم محدود پوهه شتون لري چې د دوی تعامل څنګه د ناروغانو پایلو اغیزه کوي. .
د فینوټایپیک پیچلتیا او پایلو تر مینځ اړیکې تحلیل کولو لپاره ، په قطر کې د سیدرا د طبي څیړنې انسټیټیوټ څخه د څیړونکو یوې ډلې پدې وروستیو کې یو مدغم نمرې (miCRoScore) رامینځته کړې او تایید کړې چې د مایکرو بایوم ځانګړتیاو او معافیت ردولو سره یوځای کولو سره د ښه ژوندي پاتې کیدو نرخ سره د ناروغانو یوه ډله پیژني. ثابت (ICR). ټیم د 348 لومړني کولوریکټال سرطان ناروغانو څخه د تازه منجمد نمونو جامع جینومیک تحلیل ترسره کړ ، پشمول د تومورونو RNA ترتیب او د صحي کولوریکټل نسج سره سمون ، د بشپړ exome ترتیب ، ژور T-cell ریسیپټر او د 16S باکتریایی rRNA جین تسلسل بشپړ کول ، د نورو ځانګړتیاو لپاره د جینوم ترتیب کول مایکروبیوم دا څیړنه په نیچر میډیسن کې د "د کولمو سرطان یو مدغم تومور، معافیت او مایکروبیوم اتلس" په توګه خپره شوې.
مقاله د طبیعت طب کې خپره شوې
AC-ICAM عمومي کتنه
څیړونکو د اورتوګونل جینومیک پلیټ فارم څخه کار اخیستی ترڅو د تازه منجمد تومور نمونې تحلیل کړي او د سیسټمیک درملنې پرته د کولمو سرطان هسټولوژیک تشخیص سره ناروغانو څخه نږدې صحي کولن نسج (تومور - نورمال جوړه) سره مل کړي. د بشپړ exome ترتیب (WES)، د RNA-seq ډیټا کیفیت کنټرول، او د شاملولو معیارونو سکرینینګ پراساس، د 348 ناروغانو جینومیک ډاټا ساتل شوي او د 4.6 کلونو منځنۍ تعقیب سره د لاندې جریان تحلیل لپاره کارول شوي. د څیړنې ټیم دې سرچینې ته د Sidra-LUMC AC-ICAM نوم ورکړ: د معافیت - سرطان - مایکروبیوم متقابل عمل لپاره نقشه او لارښود (شکل 1).
د ICR په کارولو سره مالیکولر طبقه بندي
د دوامداره سرطان معافیتي څارنې لپاره د معافیت جینیتیک مارکرونو ماډلر سیټ نیول ، چې د معافیت ثابت ردولو (ICR) په نوم یادیږي ، د څیړنې ټیم ICR د 20 جین پینل کې په کنډ کولو سره مطلوب کړ چې د سرطان مختلف ډولونه پوښي ، پشمول د میلانوما ، مثانې سرطان ، او د سینې سرطان. ICR د سرطان په مختلفو ډولونو کې د معافیت درملنې غبرګون سره هم تړاو لري، په شمول د سینې سرطان.
لومړی، څیړونکو د AC-ICAM کوهورټ د ICR لاسلیک تایید کړ، د ICR جین پر بنسټ د شریک طبقه بندي طریقې په کارولو سره چې کوهورټ په دریو کلسترونو/د معافیت فرعي ډولونو طبقه بندي کړي: لوړ ICR (ګرم تومورونه)، منځنۍ ICR او ټیټ ICR (سړه). تومور) (شکل 1b). څیړونکو د معافیت وړتیا مشخصه کړه چې د موافقت مالیکولر فرعي ډولونو (CMS) سره تړاو لري ، د کولون سرطان د لیږد پراساس طبقه بندي. د CMS کټګوریو کې CMS1/immune، CMS2/canonical، CMS3/metabolic او CMS4/mesenchymal شامل دي. تحلیل ښودلې چې د ICR نمرې په ټولو CMS فرعي ډولونو کې د سرطان د حجرو ځانګړي لارو سره په منفي ډول تړاو درلود ، او د معافیتي او سټرومل پورې اړوند لارو سره مثبت اړیکې یوازې په CMS4 تومورونو کې لیدل شوي.
په ټولو CMS کې، د طبیعي وژونکي (NK) حجرو او T حجرو فرعي ډولونو کثرت د ICR لوړ معافیت فرعي ډولونو کې خورا لوړ و، په نورو لیوکوسایټ فرعي سیټونو کې د لوی بدلون سره (شکل 1c). په ICR کې له ټیټ څخه تر لوړې پورې (شکل 1d) کې د ICR پروګنوسټیک رول اعتبار کول د کولمو سرطان.
شکل 1. د AC-ICAM مطالعې ډیزاین، د معافیت پورې اړوند جین لاسلیک، معافیت او مالیکول فرعي ډولونه او بقا.
ICR د تومور بډایه شوي، په کلون ډول پراخ شوي T حجرې نیسي
د تومور نسجونو ته د انفجار کولو د T حجرو یوازې لږ شمیر راپور شوي چې د تومور انټيجنونو لپاره ځانګړي دي (له 10٪ څخه کم). له همدې امله، د انټرا تومور T حجرو ډیری برخه د بایسټینر T حجرو (بای سټینډر T حجرو) په نوم یادیږي. د تولیدي TCRs سره د دودیزو T حجرو شمیر سره خورا قوي اړیکه د سټرومل حجرو او لیوکوسایټ فرعي نفوس (د RNA-seq لخوا کشف شوي) کې لیدل شوې ، کوم چې د T حجرو فرعي نفوس اټکل کولو لپاره کارول کیدی شي (شکل 2a). د ICR کلسترونو کې (په ټولیز ډول او د CMS طبقه بندي)، د معافیت SEQ TCRs ترټولو لوړ کلونیت په ICR-لوړ او د CMS فرعي ډول CMS1/د معافیت ګروپونو (شکل 2c) کې لیدل شوی، د ICR-لوړ تومورونو ترټولو لوړ تناسب سره. د ټول ټرانسکریټوم (18,270 جینونو) په کارولو سره، شپږ ICR جینونه (IFNG، STAT1، IRF1، CCL5، GZMA، او CXCL10) د لسو غوره جینونو څخه و چې په مثبت ډول د TCR معافیت SEQ کلونالیت (شکل 2d) سره تړاو لري. د ImmunoSEQ TCR کلونیت د ډیرو ICR جینونو سره د تومور ځواب ویونکي CD8 + مارکرونو (شکل 2f او 2g) په کارولو سره د اړیکو په پرتله خورا قوي اړیکه لري. په پایله کې، پورته تحلیل وړاندیز کوي چې د ICR لاسلیک د تومور بډایه، په کلون ډول پراخ شوي T حجرو شتون نیسي او ممکن د دې پروګونوسټیک اغیزې تشریح کړي.
شکل 2. د TCR میټریکونه او د معافیت پورې اړوند جینونو، معافیت او مالیکولر فرعي ډولونو سره اړیکه.
د صحي او کولمو سرطان نسجونو کې د مایکروبیوم ترکیب
څیړونکو د 16S rRNA ترتیب د DNA په کارولو سره ترسره کړ چې د 246 ناروغانو (شکل 3a) څخه د تومور او صحي کولون نسج څخه ایستل شوي. د اعتبار لپاره، څیړونکو د اضافي 42 تومور نمونو څخه د 16S rRNA جین ترتیب کولو ډاټا هم تحلیل کړې چې د تحلیل لپاره موجود نورمال DNA سره سمون نه لري. لومړی، څیړونکو د ورته تومورونو او صحي کولون نسجونو ترمنځ د نباتاتو نسبي کثرت پرتله کړ. د صحي نمونو (شکل 3a-3d) په پرتله په تومورونو کې Clostridium perfringens د پام وړ زیاتوالی موندلی. د تومور او صحي نمونو تر مینځ د الفا تنوع (په یوه نمونه کې د ډولونو تنوع او کثرت) کې کوم مهم توپیر شتون نه درلود، او د مایکروبیل تنوع کې یو معتدل کمښت د ICR - ټیټ تومورونو په پرتله په ICR-لوړ تومورونو کې لیدل شوی.
د مایکروبیل پروفایلونو او کلینیکي پایلو تر مینځ د کلینیکي پلوه اړونده اتحادیې موندلو لپاره ، څیړونکو هدف د 16S rRNA جین ترتیب کولو ډیټا کارول دي ترڅو د مایکروبیوم ځانګړتیاوې وپیژني چې د بقا وړاندوینه کوي. په AC-ICAM246 کې، څیړونکو د OS Cox ریګریشن ماډل چل کړ چې 41 ځانګړتیاوې یې د غیر صفر ضمیمو سره (د مړینې د توپیر خطر سره تړاو لري) غوره کړې، چې د MBR کلاسیفیر (شکل 3f) نومیږي.
په دې روزنیزه ډله کې (ICAM246)، د MBR ټیټ نمرې (MBR<0، ټیټ MBR) د مړینې د پام وړ ټیټ خطر سره تړاو درلود (85٪). څیړونکو د ټیټ MBR (خطر) او اوږدمهاله OS ترمنځ اړیکه په دوه خپلواکه توګه تایید شوي کوهورټونو (ICAM42 او TCGA-COAD) کې تایید کړه. (شکل 3) مطالعې د Endogastric cocci او MBR سکورونو ترمنځ قوي اړیکه ښودلې، کوم چې د تومور او سالم کولون نسج کې ورته وو.
شکل 3. په تومور او صحي نسجونو کې مایکروبیوم او د ICR او د ناروغ بقا سره اړیکه.
پایله
په دې څیړنه کې کارول شوي ملټي اومکس طریقه د کولوریکټل سرطان کې د معافیت غبرګون مالیکولر لاسلیک بشپړ کشف او تحلیل وړوي او د مایکروبیوم او معافیت سیسټم ترمینځ تعامل څرګندوي. د تومور او صحي نسجونو ژور TCR ترتیب څرګنده کړه چې د ICR پروګنوسټیک اغیز ممکن د دې وړتیا له امله وي چې د تومور بډایه شوي او ممکن د تومور انټيجن ځانګړي T حجرو کلونونه ونیسي.
د AC-ICAM نمونو کې د 16S rRNA جین ترتیب په کارولو سره د تومور مایکروبیوم ترکیب تحلیل کولو سره ، ټیم د قوي پروګنوسټیک ارزښت سره د مایکرو بایوم لاسلیک (MBR د خطر سکور) په ګوته کړ. که څه هم دا لاسلیک د تومور نمونو څخه اخیستل شوی، د صحي کولوریکټم او تومور MBR خطر سکور ترمنځ قوي اړیکه شتون لري، دا وړاندیز کوي چې دا لاسلیک ممکن د ناروغانو د کولمو مایکروبیوم ترکیب ونیسي. د ICR او MBR نمرو په یوځای کولو سره، دا ممکنه وه چې د څو-omic زده کونکي بایو مارکر وپیژني او تصدیق کړي چې د کولمو سرطان ناروغانو کې د بقا وړاندوینه کوي. د مطالعې ملټي اومیک ډیټاسیټ یوه سرچینه چمتو کوي ترڅو د کولمو سرطان بیولوژي ښه پوه شي او د شخصي درملنې طریقې موندلو کې مرسته وکړي.
د پوسټ وخت: جون-15-2023
د محرمیت ترتیبات